Para eliminar los centros de costos, vas por la ruta: Contabilidad – Centros de Costos.
Allí puedes filtrar por los centros de costos que están activos o inactivos.
En la parte inferior, te ubicas en el centro de costo que deseas borrar, presionas clic derecho y seleccionas Eliminar.
De este modo, el sistema mostrará la siguiente ventana donde es necesario que confirmes que estás seguro de borrar el centro de costo.
Para finalizar, guardas los cambios con el botón 
.
Importante: en caso de tener transacciones asociadas, es necesario eliminar para poder borrar el centro de costo.